შეფასებისა და გამოცდების ეროვნული ცენტრს ხელმძღვანელობს დირექტორი, რომელსაც პრემიერ-მინისტრთან შეთანხმებით თანამდებობაზე ნიშნავს და ათავისუფლებს მინისტრი.

ცენტრის დირექტორი: 

ა) წარმოადგენს ცენტრს და მოქმედებს ცენტრის სახელით;

ბ) ხელმძღვანელობს და ერთპიროვნულად წარმართავს ცენტრის საქმიანობას;

გ) პასუხისმგებელია საქართველოს კონსტიტუციისა და სხვა საკანონმდებლო და კანონქვემდებარე აქტების შესრულებისათვის ცენტრის კომპეტენციას მიკუთვნებულ სფეროში;

დ) თანამდებობაზე ნიშნავს და ათავისუფლებს ცენტრის სხვა თანამშრომლებს, აფორმებს მათთან შრომით ხელშეკრულებებს;

ე) ცენტრის თანამშრომლების მიმართ გამოიყენებს წახალისებისა და დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომებს;

ვ) ანაწილებს მოვალეობებს ცენტრის თანამშრომლებს შორის, აძლევს მათ სათანადო მითითებებსა და დავალებებს;

ზ) ცენტრის მიზნების მისაღწევად, ხელშეკრულების საფუძველზე, უფლებამოსილია მოიწვიოს ქართველი ან უცხოელი სპეციალისტები;

თ) ცენტრის სახელით, კანონმდებლობით დადგენილი წესით, დებს ხელშეკრულებებსა და შეთანხმებებს;

ი) ამტკიცებს ცენტრის შინაგანაწესს, რომლის დაცვა ევალება ცენტრის თითოეულ თანამშრომელს;

კ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესებისა და პირობების დაცვით მინისტრს შესათანხმებლად წარუდგენს ცენტრის საშტატო განრიგს და სახელფასო ფონდს;

ლ) უფლებამოსილია ცენტრის თანამშრომლებს ზეგანაკვეთური მუშაობისა და განსაკუთრებით საპასუხისმგებლო ფუნქციური დატვირთვის გათვალისწინებით, აგრეთვე მათ მიერ შესრულებული სამუშაოსთვის, რომელიც აღემატება მათ ჩვეულ სამსახურებრივ მოვალეობებს, დაუწესოს დამატებითი საზღაური (დანამატი) საქართველოს კანონმდებლობით ნებადართული ეკონომიკური საქმიანობით მიღებული შემოსავლებიდან;

მ) სამინისტროს წარუდგენს წინადადებებს ცენტრის დებულებაში ცვლილებებისა და დამატებების შეტანის, ცენტრის საქმიანობის სრულყოფის შესახებ;

ნ) საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს – ბრძანებებს;

ო) უფლებამოსილია ქვეყნის ფარგლებს შიგნით სამსახურებრივი მივლინების დროს ხელი მოაწეროს მის უფლებამოსილებას მიკუთვნებულ სამართლებრივ აქტებს, ხელშეკრულებებსა და სხვა სახის დოკუმენტაციას;

პ) ცენტრის ფუნქციებიდან გამომდინარე, გასცემს წარმომადგენლობის დამადასტურებელ დოკუმენტს;

ჟ) სამინისტროს მოთხოვნისთანავე შეიმუშავებს და წარადგენს ცენტრის საქმიანობის ანგარიშს;

რ) ასრულებს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა ფუნქციებს.

3. ცენტრის დირექტორის შვებულებაში, საზღვარგარეთ მივლინებაში ან საავადმყოფო ფურცელზე ყოფნის შემთხვევაში დირექტორის მოვალეობას ასრულებს დირექტორის ერთ-ერთი მოადგილე, ხოლო დირექტორის მოადგილეების შვებულებაში, მივლინებაში ან საავადმყოფო ფურცელზე ყოფნის ან მოვალეობათა შესრულების შეუძლებლობის შემთხვევაში დირექტორი თავისი მოვალეობების შესრულებას აკისრებს ცენტრის ერთ-ერთ თანამშრომელს. ქვეყნის ფარგლებს შიგნით სამსახურებრივი მივლინების დროს ცენტრის დირექტორი უფლებამოსილია, საჭიროების შემთხვევაში თავისი მოვალეობის შესრულება დააკისროს  დირექტორის ერთ-ერთ მოადგილეს, ხოლო დირექტორის მოადგილეების შვებულებაში მივლინებაში ან საავადმყოფო ფურცელზე ყოფნის ან მოვალეობათა შესრულების შეუძლებლობის შემთხვევაში, დირექტორი უფლებამოსილია თავისი მოვალეობების შესრულება დააკისროს ცენტრის ერთ-ერთ თანამშრომელს.

4. დირექტორის თანამდებობიდან გათავისუფლების შემთხვევაში დირექტორის მოვალეობას ასრულებს მინისტრის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტით განსაზღვრული დირექტორის მოადგილე. დირექტორის მოადგილეების მიერ დირექტორის მოვალეობათა შესრულების შეუძლებლობის შემთხვევაში, დირექტორის მოვალეობას ასრულებს მინისტრის ინდივიდუალური ადმინისტრაციულ-სამართლებრივი აქტით განსაზღვრული ცენტრის ერთ-ერთი თანამშრომელი.

5. ცენტრის დირექტორის მოადგილეს/მოადგილეებს თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მინისტრი.

6. ცენტრის დირექტორი უფლებამოსილია, ცენტრის თანამშრომლის ფუნქციად განსაზღვროს მათ უფლებამოსილებას მიკუთვნებულ საკითხებთან დაკავშირებული კორესპონდენციებში დასმულ საკითხებზე გადაწყვეტილების მიღება და კორესპონდენციებზე ხელმოწერა.